Máy trạm chiết pha rắn CHRONECT Proteomics

Việc xác định và định lượng protein bằng khối phổ đòi hỏi phải phân chia trước các protein thành các peptit. Sự phân tách này được gọi là quá trình phân tách protein. Nó được thực hiện với sự hỗ trợ của các enzym như protease trypsin hoặc endopeptidase Lys-C.

Việc phân tích protein bằng phương pháp khối phổ có thể được thực hiện với protein trong dung dịch hoặc với các protein được phân tách bằng điện di trên gel SDS. Chuẩn bị mẫu bao gồm một số bước. Sau khi biến tính và rửa mẫu, bước đầu tiên là quá trình khử và tiếp theo là quá trình alkyl hóa các nhóm sulfhydryl của protein. Thuốc thử TCEP và CAA được sử dụng cho mục đích này. Tiếp theo là quá trình phân hủy bằng enzym và chiết tách tiếp theo các peptit mới hình thành, sau đó có thể phân tích bằng phương pháp khối phổ.

Để tạo ra dữ liệu proteomic mạnh mẽ, cần phải có một quá trình phân tách protein có thể lặp lại. Ở đây, việc sử dụng robot chuẩn bị mẫu tự động là vô cùng hữu ích.

Cơ sở cho việc tự động hóa này là Trình lấy mẫu tự động rô bốt CHRONECT và phần mềm CHRONOS do Axel Semrau phát triển. Nó cho phép tối ưu hóa thời gian sử dụng hệ thống robot và do đó cho phép thông lượng mẫu cao.

Trình tự tự động hóa

•     Đặt mẫu protein vào dung dịch đệm
•     Thêm TCEP để thực hiện giảm / 30 phút
•     Alkyl hóa với CAA / 20 phút
•     Thêm LysC và lần phân tách đầu tiên / 3 giờ
•     Pha loãng mẫu với đệm
•     Thêm trypsin và phân tách lần thứ hai / 10 giờ
•     Ngừng phân tách bằng TFA

•     Đặt phần gel vào khay có trạm hút chân không
•     Rửa sạch gel
•     Thêm TCEP để thực hiện giảm / 30 phút
•     Alkyl hóa với CAA / 20 phút
•     Thêm trypsin và phân tách / 10 giờ
•     Ngừng phân tách bằng TFA